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“天人合一”观是中国传统文化的思想核心之一。在强调人与大自然的融合的前提下，大自然的某些意象常成为人们宣叙的对象。人们也常把自然拟人化，从中获得精神的升华。在具有浓厚中华文化底蕴的古琴音乐中，花草之幽芳、鸟兽之飞鸣就成为古代琴人抒情言志的对象。
借花草抒怀的琴曲，如《碣石调·幽兰》，借描写幽谷深山中的兰花，抒发怀才不遇、郁郁不得志的心境，表现文人士大夫厌世、无奈、消极的心理状态。《佩兰》相传为南宋琴家毛仲敏所作，曲调清雅质朴，借描写兰花来表现爱国主义高尚情操。
《梅花三弄》一曲描写梅花清洁崇高的品质，能在严寒中抵御冰雪风霜的侵袭，在万物凋零中绽放芬芳的花朵，对大自然充满无畏无惧的精神，借此抒发一种坚贞不屈的高尚情操，以表达对这种奋斗精神的赞美与钦佩。
描写飞鸟的琴曲很多。《开指黄莺吟》为刊载在元代《事林广记》中的一首短小琴歌。所谓开指，是指大型琴曲前的小引子。此曲借描写黄莺在花丛中的雀跃歌舞来表现春日的欢畅和欣欣向荣。
《平沙落雁》也是描写飞鸟的琴曲，描写了“秋高气爽，风静沙平，天际飞鸣”，借鸿鹄以寄托高远之志。乐曲动静相宜，以大雁之“欲落”、“将落”、“既落”的动态画面与风静沙平的清幽画面互为衬托，营造了恬静旷美的意境。
《秋鸿》是宋代的一首大型器乐化作品，也是大型作品中最为流行的一首乐曲。此曲多达36段，描绘在寒冬到来之前的深秋之时，雁群由北而南远征，表达了志在云霄的崇高思想境界。
《乌夜啼》描写月明星稀之夜乌鸦啼叫，母乌、稚乌亲密无间。这一主题与乌鸦反哺的朴素思想有关。此外，还有《春山听杜鹃》、《鹤鸣九皋》等。
另外，如《龙翔操》以飞龙为对象，虽然引用了昭君怨的解题，但全曲没有丝毫幽怨，活泼的音调反而描绘出一幅龙穿云破雾的生动景象，这也与乐曲标题“龙翔”之意吻合。
